1 说明与客户版入口
客户版含全部结果、图表、靶点与文献佐证；本专家版仅补充"如何做出来的"。
项目结论概要（确定性内容）
- 样本：8 例配对胎盘（子痫前期 4：C1/C2/C3/C5；正常对照 4：Z2/Z3/Z4/Z5）；单细胞 65,828 个、12 类细胞。
- 两条经样本级统计确认的 PE 上调机制轴：① 分泌/抗血管生成（FLT1/sFlt-1、ENG、INHBA、FSTL3、CRH、LEP、PAPPA2）；② 干扰素/炎症/抗原呈递（CXCL9/10/11、HLA-G、IDO1、CD74）。
- 设计的两条"创新主线"（脂质/铁死亡、Retromer）在当前数据下未获支持，如实记录。
- 硬约束：n=8（4 vs 4）功效有限；药物逆转、空间原位制图等模块因客户数据未交付而暂缺（详见"确定性边界"）。
2 分析流程与脚本
分析在执行服务器以固定脚本完成、可复现；下表为各步骤脚本、作用与产物。
| 脚本 | 作用 | 主要输出 |
|---|---|---|
| deliver_sc.py | 单细胞 QC/Leiden/UMAP/注释、score_genes、逐细胞 Wilcoxon、出图 | real_sc_*, figures |
| pseudobulk_de.py | 样本级 pseudobulk DESeq2（pydeseq2）PE vs 对照（全体+各细胞） | pb_DE_*.csv |
| enrichment_gsea.py / enrichment_network.py | GSEA pre-rank（机制集 + Hallmark/KEGG/GO/Reactome）+ 富集点图 | enrichment_*.json, dotplot |
| xomics_parse.py / spatial_metab.py | 蛋白(DIA-NN)/空转/空代厂商结果解析 | xomics_*, spatial_metab_* |
| priority_enrich.py / ifn_priority.py | 两轴候选靶点透明打分 | {priority,ifn_priority}_summary.json |
| verify_refs.py | NCBI esummary 核实每个 PMID（标题/年份匹配才保留） | literature.json |
| mofacell_integrate.py | MOFA 样本级整合（6 细胞 pseudobulk + 蛋白 7 视图）+ 留一/置换 | mofacell_output/ |
| loo_robust.py / extras_mofa_loo.py | 留一稳健性（全体 + 分细胞）+ F2 载荷图 | loo_*, mofacell_F2_loadings |
| consolidate.py / deliver_v2.py | 汇总成站点数据 | site_data_v2.json |
分组核验：分组按样本前缀 C=子痫前期 / Z=对照，并经 PE 标志物（FLT1/ENG/LEP/INHBA/PAPPA2/HTRA4 在 PE 更高）独立核验，方向正确。
3 方法学与稳健性（确定性参考价值）
以下为本项目用于保证结论可靠性的关键方法学决策，供专家评判。
| 主统计 | 样本级 pseudobulk DESeq2（pydeseq2）做 PE vs 对照差异。逐细胞 Wilcoxon 因伪重复会夸大显著性，仅用于可视化、不作结论依据。 |
| 通路检验 | GSEA pre-rank（机制基因集 + GO/KEGG/Reactome/Hallmark）；在低功效下以"基因集整体协同变化"判定机制轴，比单基因更稳健。 |
| 显著性口径 | 以 FDR（padj/q）<0.05 为准；单基因层除最强信号（如 CRH/LEP）外多不过 FDR，措辞用"方向一致/前沿基因"。 |
| 稳健性（留一） | 剔除任一离群样本（C5 / Z3）后重算，两条轴 GSEA 仍 FDR<0.05、方向不变（见下图）——结论不依赖个别样本。 |
| 跨组学整合 | 用 三种互补方法（MOFAcell 无监督 / AJIVE 小样本稳健 / DIABLO 监督）独立检验：三法一致表明 n=8 下整合无法稳健建立疾病判别因子 → 整合仅作探索，疾病结论以样本级 DESeq2+GSEA 为准。 |
| 蛋白/空间组学 | Bulk 蛋白质组（DIA-NN，n=4/组）为本团队自算（方向性佐证）；空间转录组、空间代谢组采用测序厂商已交付的差异/富集结果。 |
| 文献佐证 | 客户版每条文献的 PMID 均经 NCBI 独立核实（标题/年份匹配），可点击查证。 |
机制基因集 GSEA NES（PE vs 对照，全部细胞类型）；* = FDR<0.05。分泌/抗血管轴在 6/7 类细胞一致显著。
留一稳健性：剔除离群样本后两条轴仍显著、方向不变。
4 结论确定性边界（供专家聚焦审核）
为节省专家时间，明确标注各结论的确定性等级——建议重点审核"已确认"项；"探索/方向性"项请勿过度解读。
| 等级 | 内容 | 依据 / 说明 |
|---|---|---|
| ✅ 已确认 建议重点审 | 分泌/抗血管轴、干扰素/炎症轴 在 PE 上调 | GSEA FDR<0.05、跨多细胞类型一致、留一稳健、文献支持 |
| 🔬 探索/方向性 仅参考、勿过度解读 | 两轴候选靶点优先级；跨组学整合因子；空间代谢×转录通路级近似 | 假设生成式打分 / n=8 整合不稳 / 非 spot 级——供后续验证选点，非确证 |
| ❌ 未支持 | 脂质/铁死亡（主线1）、Retromer/sFlt-1 错误分泌（主线2） | 样本级效应量极小、GSEA 不显著——如实记录，未否定，留待更大样本 |
| ⏳ 待客户数据 暂无法完成 | 药物外植体→CMap 逆转打分；空转切片图像→Spot 级原位制图/RCTD；原始血清代谢组处理 | 相应原始数据客户尚未交付 |
请专家关注：若对"已确认"两轴的统计口径、细胞注释、或厂商空间数据的取用有异议，请反馈；"探索/未支持/待数据"三类我们已主动划清边界，避免占用专家精力。
专家版 · 方法与流程 · 项目 2605136 · 供专家审核 · 客户版：pe.sinogenomics.com